Please use this identifier to cite or link to this item: http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-3856
Main Title: DNA and peptide aptamer selection for diagnostic applications
Translated Title: DNA und Peptid-Aptamer Selektionen für diagnostische Anwendungen
Author(s): Michel, Janine
Advisor(s): Nitsche, Andreas
Referee(s): Kurreck, Jens
Granting Institution: Technische Universität Berlin, Fakultät III - Prozesswissenschaften
Type: Doctoral Thesis
Language: English
Language Code: en
Abstract: Ein wichtiger Faktor für die zuverlässige Detektion und Identifizierung verbreiteter klinischer Infektionen, neuartiger Pathogene und Bioterror-Agenzien ist die Verfügbarkeit stabiler und reproduzierbarer Detektionsmethoden. Klassische Detektionsmethoden basieren auf dem Nachweis von Nukleinsäuren oder Proteinen unter Verwendung monoklonaler und polyklonaler Antikörper. Während Nukleinsäure-basierte Detektionsmethoden darauf angewiesen sind, das genetische Material von Pathogenen nachzuweisen, weisen Antikörper erhebliche Nachteile auf. Diese Nachteile umfassen deren aufwändige und teure Produktion und eingeschränkte Stabilitäten. Auf Grund der vielfältigen Limitationen Antikörper-basierter Detektionsmethoden gibt es ein gesteigertes Interesse an der Verwendung alternativer Detektionsmoleküle. Aptamere können solch alternative Moleküle darstellen. Aptamere sind kurze, synthetische Moleküle, die aus Nuklein- oder Aminosäuren bestehen und mit hoher Affinität und Spezifität an buchstäblich jedes Zielmolekül binden können. Sie werden in vitro aus riesigen Bibliotheken selektiert, die mehrere Milliarden randomisierte Sequenzen enthalten können. Hier wurden randomisierte DNA- und Bakteriophagen-basierte Bibliotheken verwendet, um die Anwendbarkeit synthetischer Nukleinsäure- und Peptidaptamere für die Detektion von Pockenviren zu evaluieren. Zunächst wurde ein Protokoll für die Selektion von DNA-Aptameren unter Verwendung der SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) Technologie etabliert und der Amplifikationsschritt mit Hilfe der Taguchi-Methode optimiert. Die Selektion gegen native Vaccinia-Virus-Partikel, unter Anwendung des klassischen Klonierungs- und Sequenzierungsansatzes, resultierte in der Identifizierung von 6 Oligonukleotiden. Die Hochdurchsatzsequenzierung angereicherter DNA-Bibliotheken führte zur Identifizierung 24 weiterer Oligonukleotide. Diese Oligonukleotide wurden hinsichtlich ihrer Affinitäten, Spezifitäten und Kreuzreaktivitäten charakterisiert. Von den 24 Oligonukleotiden banden 15 spezifisch an Vaccinia-Virus-Partikel, wurden weiter charakterisiert und konnten erfolgreich für die Detektion verschiedener Pockenviren in Kombination mit einem monoklonalen anti-Vaccinia-Antikörper eingesetzt werden. Zusätzlich zu den DNA-Aptameren über SELEX wurden Peptidaptamere als Pockenvirus-spezifische Detektionsmoleküle über Phagen-Display selektiert. Die Affinitätsselektion randomisierter Peptid-Phagen-Display-Bibliotheken resultierte in 17 wiederkehrenden Peptiden. Nach der Charakterisierung dieser 17 Phagenklone wurden fünf Peptidsequenzen synthetisiert und charakterisiert. Eines dieser synthetischen Peptide (VV1) band spezifisch an native Vaccinia-Virus-Partikel, wobei das pockenvirale Oberflächenprotein D8 als Interaktionspartner für VV1 identifiziert wurde. Die Funktionalität von VV1 als Fängermolekül in Kombination mit einem polyklonalen anti-Vaccinia-Antikörper und als Molekül für die Detektion weiterer Pockenvirus-Spezies konnte gezeigt werden. Als Letztes konnte die erfolgreiche Verwendung der selektieren DNA- und Peptid-Aptamere für die Detektion von Vaccinia-Viren in einem Aptamer-basierten Sandwich-Assay gezeigt werden.
The availability of stable and reproducible detection methods is an important factor in the reliable detection and identification of common clinical infections, newly emerging pathogens, and bio-threat agents. Classical detection methods are based on the detection of nucleic acids or proteins, using monoclonal and polyclonal antibodies as detection molecules. While nucleic acid-based detection methods depend on the detection of the genetic material of pathogens, antibodies have some considerable limitations, including tedious and expensive production, limited durability, and stability. To circumvent the many limitations of antibody-based detection systems, there is an increasing interest in employing alternative recognition molecules for the detection and identification of pathogens. Such alternative molecules can be represented by aptamers. Aptamers are short synthetic molecules that can comprise of nucleic or amino acids. They are selected in vitro from huge libraries of molecules containing up to several billion randomly created sequences that can bind with high affinity and specificity to literally any target. Screenings of random synthetic DNA- and bacteriophage-based libraries were utilized in the present study to evaluate the applicability of synthetic nucleic acid and peptide aptamers for poxvirus detection. First, a suitable protocol for the selection of DNA aptamers using SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) was established, and the amplification step was optimized using the Taguchi approach. Together with different random DNA libraries against native vaccinia virus particles, SELEX resulted in the identification of 6 oligonucleotide sequences, using the classical cloning and sequencing approach. The massively parallel sequencing of enriched DNA libraries resulted in identification of further 24 oligonucleotide sequences. These oligonucleotide sequences were characterized to determine affinities, specificities, and cross-reactivities. Of these 24 clones, 15 oligonucleotide sequences bound specifically to vaccinia virus particles and were characterized further. These 15 aptamers could be utilized for the detection of different poxvirus species in a sandwich assay in combination with a monoclonal anti-vaccinia antibody. Additionally, peptide aptamers for the specific detection of poxvirus particles were selected. For this, the combinatorial phage display methodology was used. Affinity selections of random peptide phage display libraries resulted in 17 recurring peptides, indicating the enrichment of specific vaccinia virus-binding phage clones. After characterization of these 17 phage clones, five peptide sequences were synthesized and characterized. One phage-derived synthetic peptide (VV1) was able to bind specifically to vaccinia virus particles with the poxviral surface protein D8 as the interaction partner of VV1. The functionality of VV1 as capture molecule in combination with a polyclonal anti-vaccinia antibody could be shown. Furthermore, VV1 was successfully applied for the detection of different poxvirus species. At last, the successful combination of the selected and characterized SELEX-derived DNA- and phage display-derived peptide aptamers for the detection of vaccinia viruses in an aptamer-based sandwich assay could be shown.
URI: urn:nbn:de:kobv:83-opus4-43401
http://depositonce.tu-berlin.de/handle/11303/4153
http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-3856
Exam Date: 27-Sep-2013
Issue Date: 22-Nov-2013
Date Available: 22-Nov-2013
DDC Class: 570 Biowissenschaften; Biologie
Subject(s): Aptamere
Diagnostik
Orthopockenviren
Phagen Display
SELEX
Aptamers
Diagnostics
Orthopoxviruses
Phage display
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