Please use this identifier to cite or link to this item: http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-5053
Main Title: The effect of latency in population genetics
Translated Title: Die Auswirkung von Latenz in der Populationsgenetik
Author(s): González Casanova Soberón, Adrián
Advisor(s): Blath, Jochen
Kurt, Noemi
Referee(s): Blath, Jochen
Kurt, Noemi
Wakolbinger, Anton
Granting Institution: Technische Universität Berlin
Type: Doctoral Thesis
Language Code: en
Abstract: Mittels probabilistischer Methoden modellieren wir die genetische (und anpassungsfähige) Entwicklung von Populationen unter Einfluss von seedbanks und anderen Latenz-Formen. Wir verallgemeinern das Kaj Krone und Lascoux Model (2001) um starke seedbank Effekte. Wir stellen ein effizientes seedbank Model vor, welches Markovsch vorwärts und rückwärts in der Zeit ist. Wir führen den seedbank Koaleszenten ein sowie sein duales Moment, die seedbank Diffusion. Zum Abschluss präsentieren wir ein Model, welches beabsichtigt die Evolution des Lenski Experiments besser zu verstehen. Wir präsentieren eine mathematische Erklärung für die Verlangsamung der relativen Fitness. Unsere Erklärung bedient sich weder der klonalen Interferenz noch der Epistasis; wir führen die Verlangsamung auf das Design des Experiments zurück.
Using probabilistic tools, we model the genetic (and adaptive) evolution of popu- lations affected by seedbanks and other forms of latency. We generalize the Kaj Krone and Lascoux model (2001) to include strong seedbank effects. We propose an efficient seedbank model, which is Markovian forward in time and backward in time. We intro- duce and study the seedbank coalescent and its moment dual, the seedbank diffusion. Finally, we present a model which aims to understand better the bacterial evolution in the Lenski experiment. We present a mathematical explanation for the deceleration of the relative fitness in the experiment. Our explanation does not invoke clonal interfer- ence nor epistasis; we attribute the deceleration to the design of the experiment.
URI: http://depositonce.tu-berlin.de/handle/11303/5378
http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-5053
Exam Date: 9-Oct-2015
Issue Date: 2016
Date Available: 18-Mar-2016
DDC Class: DDC::500 Naturwissenschaften und Mathematik::510 Mathematik::519 Wahrscheinlichkeiten, angewandte Mathematik
Subject(s): probability
population genetics,
seed-banks
Lenski experiment
Wahrscheinlichkeitstheorie
Populationsgenetik
Samenbanken
Lenski-Experiment
Sponsor/Funder: DFG, GRK 1845, Stochastic Analysis and Applications in Biology, Finance and Physics
Usage rights: Terms of German Copyright Law
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