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Main Title: Identifizierung und Charakterisierung von Brustdrüsengewebeproteinen der Maus und Etablierung einer neuen Kalibrierungsmethode für zweidimensionale Gele
Translated Title: Identification and characterisation of mouse mammary gland tissue proteins and establishment of a novel calibration method for two-dimensional gels
Author(s): Aksu, Sevil
Advisor(s): Salnikow, Johann
Granting Institution: Technische Universität Berlin, Fakultät II - Mathematik und Naturwissenschaften
Type: Doctoral Thesis
Language: German
Language Code: de
Abstract: Abstract Aksu, Sevil: Identifizierung und Charakterisierung von Brustdrüsengewebeproteinen der Maus und Etablierung einer neuen Kalibrierungsmethode für zweidimensionale Gele Durch die Analyse ganzer Proteome werden mit den sensitiven Methoden der Proteomanalyse Einblicke in die aktuelle Zusammensetzung der Proteine, also das aktuelle Geschehen in der Zelle, gewährt. Die hochauflösende zweidimensionale Gelelektrophorese ist noch immer die Methode, die komplexe Proteinproben am besten auftrennt und eine sensitive Detektion derer erlaubt. Durch fortwährende Entwicklungen sind heutzutage Identifizierungen von Proteinen mit Konzentrationen im femtomol Bereich möglich. In dieser Arbeit wurden die gängigsten Identifizierungsmethoden, wie N-terminale Sequenzierung und MALDI-TOF-MS verwendet. Anhand der MALDI-MS können Proteine über ihren 'peptide mass fingerprint' (PMF), dem Massenspektrum der Peptide eines tryptisch gespaltenen Proteins aus dem Peptidgemisch, identifiziert werden. Durch einige Veränderungen an dem in unserem Labor bisher angewendeten Verdauprotokoll und an den Messparametern konnte für die PMF-Spektren von schwach angefärbten CBB-Spots eine Empfindlichkeitssteigerung erzielt werden. Im weiteren wurden aus dem Brustdrüsengewebe von Wildtyp-Mäusen insgesamt 72 Proteinspezies identifiziert. 66 der identifizierten Proteinspezies wurden in einer Proteindatenbank zusammengestellt und über das Internet zugänglich gemacht. Die restlichen sechs Proteinspezies wurden erst später identifiziert. Deshalb sind sie in der Datenbank nicht enthalten. Mit den 66 Proteinspezies wurde eine neue Gelkalibrierungsmethode entwickelt. Durch die Kenntnis der N-terminalen Aminosäure einiger Proteinspezies konnten in einer ersten Iteration die genaueren Mr- und pI-Werte berechnet werden. In der zwe en Iteration wurden nur die Spots, die mit ihren Mr- und pI-Werten innerhalb eines bestimmten Intervalls lagen, für die weiteren Berechnungen verwendet. Mit dieser Methode wird die Kalibrierung eines 2-DE Gels nicht nur genauer, es wird auch die Erkennung von posttranslational modifizierten Proteinspezies ermöglicht. Bei der subtraktiven Proteomanalyse wurden die Proteinmuster von Tumorgewebeproben mit histologisch normalen Gewebeproben aus der Brustdrüse von doppelttransgenen Mäusen verglichen. Die doppelttransgenen Mäuse besaßen die Transgene des humanen EGFR und des TGFa Gens. Einige der unterschiedlichen Proteinspots wurden identifiziert. Folgende Proteine wurden im Tumorgewebe mit niedrigerer Intensität detektiert: Carbonic anhydrase III, Glyceraldehyd-3-Phosphat Dehydrogenase, Fruktose-biphosphat Aldolase I, Kreatinkinase und Enolase 3. Tropomyosin 5, 'eukaryotic translation elongation factor 1 beta 2' und mehrere Serumalbumin Fragmente wiesen jedoch im Tumorgewebe höhere Intensitäten auf. Weitergehende in-vitro und in-vivo Validierungen müssen zeigen, ob diesen Proteinen eine Relevanz im Tumorgeschehen zukommt.
URI: urn:nbn:de:kobv:83-opus-5571
http://depositonce.tu-berlin.de/handle/11303/952
http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-655
Exam Date: 17-Jan-2003
Issue Date: 7-Feb-2003
Date Available: 7-Feb-2003
DDC Class: 540 Chemie und zugeordnete Wissenschaften
Subject(s): Kalibration
MALDI-Massenspektrometrie
Mausbrustdrüsenproteine
Proteindatenbank
Zweidimensionale Gelelektrophorese (2-DE)
Calibration
Database
MALDI mass spectrometry
Mouse mammary gland proteins
Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE)
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