The effect of latency in population genetics
| dc.contributor.advisor | Blath, Jochen | |
| dc.contributor.advisor | Kurt, Noemi | |
| dc.contributor.author | González Casanova Soberón, Adrián | |
| dc.contributor.grantor | Technische Universität Berlin | en |
| dc.contributor.referee | Blath, Jochen | |
| dc.contributor.referee | Kurt, Noemi | |
| dc.contributor.referee | Wakolbinger, Anton | |
| dc.date.accepted | 2015-10-09 | |
| dc.date.accessioned | 2016-03-18T17:49:53Z | |
| dc.date.available | 2016-03-18T17:49:53Z | |
| dc.date.issued | 2016 | |
| dc.description.abstract | Mittels probabilistischer Methoden modellieren wir die genetische (und anpassungsfähige) Entwicklung von Populationen unter Einfluss von seedbanks und anderen Latenz-Formen. Wir verallgemeinern das Kaj Krone und Lascoux Model (2001) um starke seedbank Effekte. Wir stellen ein effizientes seedbank Model vor, welches Markovsch vorwärts und rückwärts in der Zeit ist. Wir führen den seedbank Koaleszenten ein sowie sein duales Moment, die seedbank Diffusion. Zum Abschluss präsentieren wir ein Model, welches beabsichtigt die Evolution des Lenski Experiments besser zu verstehen. Wir präsentieren eine mathematische Erklärung für die Verlangsamung der relativen Fitness. Unsere Erklärung bedient sich weder der klonalen Interferenz noch der Epistasis; wir führen die Verlangsamung auf das Design des Experiments zurück. | de |
| dc.description.abstract | Using probabilistic tools, we model the genetic (and adaptive) evolution of popu- lations affected by seedbanks and other forms of latency. We generalize the Kaj Krone and Lascoux model (2001) to include strong seedbank effects. We propose an efficient seedbank model, which is Markovian forward in time and backward in time. We intro- duce and study the seedbank coalescent and its moment dual, the seedbank diffusion. Finally, we present a model which aims to understand better the bacterial evolution in the Lenski experiment. We present a mathematical explanation for the deceleration of the relative fitness in the experiment. Our explanation does not invoke clonal interfer- ence nor epistasis; we attribute the deceleration to the design of the experiment. | en |
| dc.description.sponsorship | DFG, GRK 1845, Stochastic Analysis and Applications in Biology, Finance and Physics | en |
| dc.identifier.uri | https://depositonce.tu-berlin.de/handle/11303/5378 | |
| dc.identifier.uri | http://dx.doi.org/10.14279/depositonce-5053 | |
| dc.language.iso | en | en |
| dc.rights.uri | http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ | en |
| dc.subject.ddc | 519 Wahrscheinlichkeiten, angewandte Mathematik | de |
| dc.subject.other | probability | en |
| dc.subject.other | population genetics, | en |
| dc.subject.other | seed-banks | en |
| dc.subject.other | Lenski experiment | en |
| dc.subject.other | Wahrscheinlichkeitstheorie | de |
| dc.subject.other | Populationsgenetik | de |
| dc.subject.other | Samenbanken | de |
| dc.subject.other | Lenski-Experiment | en |
| dc.title | The effect of latency in population genetics | en |
| dc.title.translated | Die Auswirkung von Latenz in der Populationsgenetik | de |
| dc.type | Doctoral Thesis | en |
| dc.type.version | submittedVersion | en |
| tub.accessrights.dnb | free | en |
| tub.affiliation | Fak. 2 Mathematik und Naturwissenschaften::Inst. Mathematik | de |
| tub.affiliation.faculty | Fak. 2 Mathematik und Naturwissenschaften | de |
| tub.affiliation.institute | Inst. Mathematik | de |
| tub.publisher.universityorinstitution | Technische Universität Berlin | en |